El curso está constituido por 8 clases dictadas, presentadas a continuación:
- Introducción: Resistencia bacteriana – Una perspectiva global.
- Betalactamasas de espectro extendido. Análisis estructural de las CTX-M.
- Introducción al análisis bioinformático nucleotídico y aminoacídico.
- Visualización de proteínas en base a PyMOL.
- Modelamiento por Homología en base al SWISS-MODEL y MODELLER.
- Evaluación de modelos en base a Verify3D y PROCHECK.
- Bases teóricas del Docking Molecular.
- Docking molecular empleando AutoDock Vina.
Contenido
- Introducción: Resistencia bacteriana – Una perspectiva global.
Docente: Edgar Gonzales Escalante
La clase presentará una perspectiva global actualizada de la resistencia bacteriana con énfasis en la epidemiología de la resistencia bacteriana en el Perú.
- Betalactamasas de espectro extendido. Análisis estructural de las CTX-M.
Docente: Pablo Power
La clase hará un recuento de las principales betalactamasas de espectro extendido (BLEE), teniendo como principal referente a las BLEE de tipo CTX-M, ante la cual se presentará un análisis de su estructura empleando los programas bioinformáticos que serán analizados en las siguientes clases.
- Introducción al análisis bioinformático nucleotídico y aminoacídico.
Docente: Guillermo Uceda Campos
En la sesión se enseñará a realizar un análisis bioinformático en base a una secuencia de CTX-M previamente secuenciada en su estado crudo. Además, se enseñará a realizar un análisis de electroferogramas empleando Chromas. Finalmente, se realizarán diversos análisis de data en base a BLAST y UNIPROT para ampliar el conocimiento de la secuencia de interés.
- Visualización de proteínas en base a PyMOL.
Docente: Juan Faya Castillo
La sesión estará dirigida a explorar la base de datos RCSB y analizar la información inscrita en el PDB. Posteriormente, se enseñará el uso del programa PyMOL ante el cual el alumno podrá realizar análisis estructurales tridimensional de una proteína.
- Modelamiento por Homología en base al SWISS-MODEL y MODELLER.
Docente: Juan Faya Castillo
En este tópico se abordarán conceptos teóricos de la técnica predictiva de modelamiento de proteínas por homología, así como el paso a paso para obtener una estructura atómica en base a estructuras conocidas almacenadas en bases de datos especializados (RSCB). Para ellos serán mostrados dos estrategias diferentes contenidos en los programas SWISS-MODEL y MODELLER.
- Evaluación de modelos en base a Verify3D y PROCHECK.
Docente: Diego Leonardo Cabrejos
La sesión estará dirigida a evaluar estructuras proteicas obtenidas mediante técnicas in silico. Además, se explicará la importancia de este procedimiento y los distintos conceptos en los cuales están basados estos métodos.
- Bases teóricas del Docking Molecular.
Docente: Diego Leonardo Cabrejos
En esta clase se explicarán de manera detallada las bases teóricas detrás de la técnica computacional de acoplamiento molecular (Docking Molecular); así como el uso de algoritmos de acoplamientos para la predicción de unión entre ligandos y receptores.
- Docking molecular empleando AutoDock Vina.
Docente: Pablo Power
En este tópico final el alumno aprenderá a preparar tanto la proteína como el ligando de interés para realizar un acoplamiento molecular usando los programas AutoDock Tools y AutoDock Vina respectivamente. AutoDock Vina es un programa de código abierto para el descubrimiento de fármacos, acoplamiento molecular y cribado virtual, que presenta compatibilidad con archivos de entrada y salida utilizados en AutoDock Tools, es de fácil uso y logra mejoras significativas en la precisión promedio de las predicciones.
Estrategias metodológicas:
- Aula virtual
Se emitirán videos grabados con la exposición de los docentes días previos a la sesión sincrónica con los docentes. En la sesión sincrónica se abordarán preguntas de los asistentes dirigidos por un docente. Las preguntas serán sometidas previamente en el foro del curso.
Las sesiones grabadas iniciarán con la presentación de los temas específicos que se desarrollarán y a continuación se hará la revisión de los fundamentos teóricos de los puntos señalados inicialmente, acompañada de ejemplos reales que muestren la aplicación de los conceptos que se van a desarrollar. Posteriormente, te emitirán grabaciones en la cual se explique el funcionamiento del programa bioinformático a desarrollar en cada clase.
Los medios que se utilizarán para la enseñanza estarán centrados en la visualización de los programas bioinformáticos, acorde con la sesión, gráficos y anotaciones en la pizarra virtual y, de manera auxiliar, diapositivas proyectadas (esto último, preferentemente para dibujos, videos o gráficos complejos).